L'une d'entre elles concernait le boycott auquel ont appelé 22 pays africains, en protestation contre la tournée de l'équipe de rugby néo-zélandaise en Afrique du Sud alors sous le joug de l'apartheid et contre la participation de la Nouvelle-Zélande aux Jeux Olympiques. L'autre controverse porte sur la reconnaissance de Chinese Taipei.
En raison de son régime de ségrégation raciale connu sous le nom d'apartheid, l'Afrique du Sud était exclue des Jeux Olympiques depuis 1964.
En 1976, les All Blacks, équipe nationale de rugby de la Nouvelle-Zélande, ont entamé une tournée de trois mois et de 24 matchs en Afrique du Sud, deux semaines seulement avant le début des Jeux Olympiques de Montréal 1976. Pour protester contre cette participation, 22 pays africains se sont retirés la veille de la cérémonie d'ouverture des Jeux. La Guyane, l'Irak et huit autres pays africains ont rejoint le boycott dans les jours qui ont suivi.
Un an plus tard, la déclaration de Gleneagles appelait tous les États membres du Commonwealth à décourager tout contact sportif avec l'Afrique du Sud et, en décembre 1977, les Nations Unies adoptaient et proclamaient la Déclaration internationale contre l'apartheid dans les sports.
Les sanctions sportives contre l'Afrique du Sud sont intervenues à la suite d'un large accord au sein de la communauté internationale pour prendre des mesures politiques à l'encontre du gouvernement sud-africain, avec le soutien des Nations Unies. L'exclusion du CNO sud-africain a été décidée dans le cadre de cet accord et reposait sur le fait que l'apartheid sévissait également dans le sport sud-africain.
L'Afrique du Sud a été exclue du monde du sport jusqu'au début des années 1990, lorsque les lois du régime de l'apartheid ont finalement été abrogées. Le pays fit son retour aux Jeux Olympiques en 1992.
Chinese Taipei s'est retiré de Montréal 1976 la veille de la cérémonie d'ouverture, à la suite du refus du gouvernement canadien de le reconnaître sous le nom de République de Chine. Et ce en dépit du fait que Chinese Taipei était Membre du CIO depuis 16 ans. Le différend remonte à octobre 1970, lorsque le Canada est devenu l'un des premiers pays occidentaux à reconnaître la République populaire de Chine et qu'il a suspendu ses relations diplomatiques avec Chinese Taipei. Bien que le CIO ait tenté de trouver un compromis, le Canada n'a pas autorisé les athlètes de Chinese Taipei à concourir sous le nom et le drapeau de République de Chine.
Une solution à long terme à la question de la dénomination de Chinese Taipei aux Jeux Olympiques a été trouvée en 1979, lorsque le CIO a négocié un accord connu sous le nom de Résolution de Nagoya, permettant à Chinese Taipei de concourir aux Jeux Olympiques sous cette dénomination. Il a réintégré le giron olympique à Los Angeles en 1984, lorsque la République populaire de Chine a également envoyé une équipe aux Jeux Olympiques pour la première fois depuis qu'elle a été reconnue par le CIO en 1954.