Manel jugó 580 partidos con la Selección Española anotando 1.561 goles y ganando dos medallas olímpicas, plata en los Juegos de Barcelona 1992 y oro en los Juegos de Atlanta 1996. También se ganaron medalla de plata en el Mundial de Perth 1991 y un oro 1998. En Europeos, se llevaron medalla de plata en Atenas 1991.

Manel compitió a nivel profesional en las ligas española e italiana. Con el CN Barcelona ganó 3 Ligas de España y 1 Supercopa; con el CN Catalunya obtuvo 1 Liga, 1 Supercopa y 1 Recopa de Europa.

También alcanzó victorias con los equipos italianos; obtuvo 2 Ligas de Italia, una con el CN Savona y otra con el CN Pescara. Con este último comenzó a jugar en 1984 y además de la Liga italiana, ganaron 2 Supercopas y 2 Recopas de Europa. En el CN Pescara solían llamarle "Il Maradonna della pallanuoto" (El Maradona del waterpolo).

Después de jugar el Campeonato del Mundo de Perth en 1991, Manel cambió de equipo al CN Catalunya donde comenzó a prepararse para los Juegos Olímpicos de Barcelona.

España llegó como favorita a la final olímpica de Barcelona 1992, donde superada por la presión y la experiencia de los italianos, perdieron por solo un punto de diferencia (8-9).

A pesar de la derrota, la Selección Española liderada por Estiarte ganó bronce en el Europeo de Sheffield 1993, plata en el Mundial de Roma 1994 y quinto puesto en el Europeo de Viena 1995.

En 1996 y durante los Juegos Olímpicos de Atlanta, el equipo de waterpolo español se llevó finalmente el oro olímpico. Manel Estiarte marcó tres goles en la final ante Croacia, uno de ellos de penalti, y convirtió a su equipo en medallista histórico dentro del deporte español.

Manel fue capitán de la Selección Nacional de waterpolo durante 20 años y participó en 6 Juegos Olímpicos consecutivos, desde Moscú 1980 hasta Sídney 2000, donde fue abanderado en la Ceremonia de Apertura.

Estiarte anunció su retiro después de los Juegos de Sídney y tras ser votado por los atletas participantes, se convirtió en miembro de la Comisión de Atletas, perteneciente al Comité Olímpico Internacional (COI). Un año después, en el 2001, fue galardonado con el Premio Príncipe de Asturias de los Deportes. También fue condecorado en la ciudad de Guardamar, Alicante, con la Piscina Climatizada Manel Estiarte.

Retirado del waterpolo, Manel se integró al FC Barcelona en 2008 como encargado de relaciones externas y recomendado por Pep Guardiola, a quien conoció durante la estancia deportiva de ambos en Italia.

En 2009, Manel Estiarte publicó el libro Todos mis Hermanos, donde narra su trayectoria y experiencias tanto en el deporte como en su vida personal.

En 2012, Estiarte se fue con Guardiola al Bayern Múnich y posteriormente al Manchester City, donde actualmente colabora.